No âmbito das prioridades da Presidência dos Países Baixos poderemos destacar a União focada no essencial, crescimento inovador, criação de emprego e proximidade com os cidadãos. Verifica-se ainda a necessidade de desenvolver a cooperação, a solidariedade e a responsabilidade, tendo em consideração a atual crise dos refugiados, a qual exige soluções comuns. 

A crise migratória exige ainda a redefinição da cooperação com os parceiros estratégicos, incluindo a Turquia e os países de trânsito e de origem africanos. De facto, o fluxo de refugiados que atravessam as fronteiras externas colocam o princípio da UE de liberdade de movimento em causa, propondo-se assim a Presidência dos Países Baixos impulsionar a revisão do sistema de Dublin, bem como a execução das medidas tomadas recentemente, tais como a redistribuição dos requerentes de asilo e uma efetiva política de retorno. Para esta matéria relevam os acordos realizados com a Turquia, bem como os resultados da Cimeira de La Valletta sobre Migração, a 12 de novembro de 2015. Serão ainda necessários esforços concretos quanto ao controlo das fronteiras externas, o funcionamento do Sistema Dublin e a área Schengen.

Neste contexto, será dada atenção por parte desta Presidência à necessidade de alcançar uma abordagem abrangente relativamente à migração e à segurança internacional, tornando claro que são necessárias: uma fronteira comum, uma política de asilo e de migração. A prioridade da Presidência passará também pelo desenvolvimento da receção inicial (primeira linha) dos refugiados na Europa, existindo uma partilha dos encargos tão justa quanto possível. Assim, a Presidência compromete-se à célere elaboração e execução do pacote de propostas que deverão ser apresentadas pela Comissão Europeia sobre migração e a revisão da Política Comum de Segurança Externa.

Relativamente à área do Conselho dos Negócios Estrangeiros, a Presidência dará particular importância ao desenvolvimento da Política Comum de Segurança Externa, que inclui a Política Comum de Segurança e Defesa, bem como à execução da Resolução das Nações Unidas 1325 sobre mulheres, paz e segurança e uma abordagem integrada quanto aos assuntos da crise migratória, terrorismo e cibersegurança.

Quanto ao Conselho de Justiça e Assuntos Internos, a Presidência dará destaque à execução da Agenda Europeia para a Migração, chamando a atenção para as medidas tomadas recentemente e a necessidade da sua continuação, como a recolocação de 160,000 requerentes de asilo e o efetivo funcionamento dos hotspots. As propostas legislativas sobre o mecanismo de recolocação e a lista europeia de países de origem seguros ocuparão uma posição proeminente durante esta Presidência. 

A Presidência prosseguirá igualmente os trabalhos da Presidência do Luxemburgo sobre a execução da Estratégia Europeia de Segurança.​